В 1220 году монастырю Дюнамюнде была представлена в качестве награды земля окружавшая деревню Падизе за то, что служащие монастыря помогли привести местных жителей к вере и крещению. Существуют предположения, что в самом начале была возведена каменная капелла – часовня. По крайней мере, имеется информация, что местные монахи в 1310 году попросили разрешение у короля Эрика Менведа на строительство каменных сооружений. Для обслуживания часовни и религиозной жизни деревни сюда прислали несколько монахов.
На территории Падизе в 1317 году начали активно возводить церковные постройки. Первоначально в работе использовали вазалеммайский мрамор, а чуть позже отдали свое предпочтение валунам. Как правило, массивные монастырские здания окружались каменной стеной, которая зависела от рельефа и следовала руслу реки. В ночь под Юрьев день в 1343 году строительство монастыря из-за восстания эстонцев было приостановлено. Согласно хронике, в период восстания было убито двадцать восемь монахов и сожжена постройка. Дания после восстания решила передать Ливонскому ордену Северную Эстонию.
Католический монашеский орден Цистерцианцы вели довольно странный образ жизни, они совершенно не употребляли мясо. В одиннадцатом веке данный орден был отсоединен от ордена бенедиктинского. Цистерцианские монахи вели аскетический, созерцательный образ жизни. У рассматриваемого ордена церковь характеризуется полным отсутствием живописи, драгоценной утвари и роскошных интерьеров. Орден насколько быстро становился известным и влиятельным, что уже в тринадцатом веке ему принадлежало примерно двести монастырей, а ближе к началу четырнадцатого века их количество увеличилось до семисот.
Бернард Клервоск сыграл значительную роль в развитии и становлении ордена, в его честь на каменной консоли церкви мастера высекли его образ вместе с символом верности – псом. В Падизе цистерцианцы создали рыбное хозяйство, включающее в себя несколько озер. В 1400 году монастырь достиг наивысшего рассвета.
Большая часть монастыря после Ливонской войны была разрушена. Так же известно, что в период войны настоятелю монастыря отрубали голову. Именно с этих пор появилась легенда о призраке монаха, который появляется перед людьми днем и ночью.
В наше время развалины монастыря Падизе были частично реставрированы. От дальнейшего разрушения каменную кладку решили законсервировать. Само здание монастыря и двор часто используют для проведения свадеб, концертов и спектаклей.
